إن کتاب " معجزة الذرة " علی الرغم من أنه یبحث فی موضوع علمی ، فإن الهدف منه یختلف عن الهدف من الکتب العلمیة التقلیدیة ، إذ یتناول هذا الکتاب " الذرة " التی یتمثل تفردها فی کونها وحدة بناء الأشیاء الحیة وغیر الحیة علی حد سواء ، من خلال الأسئلة " ماذا " ، " وکیف " ، " وبأیة طریقة " ، مما یفتح بابا للإجابة علی السؤال " لماذا " ؟ وبمجرد أن نتخطی هذا الباب سوف ینکشف لنا جمیعاً السمو فی حکمة الله ومعرفته وخلقه .